Technologia
Najpotężniejszy superkomputer na świecie wykorzystany przeciwko SARS-CoV-2

Najnowszy koronawirus, który szybko rozprzestrzenia się po świecie, zmotywował rządy krajów i korporacje do wykorzystania najnowocześniejszych zdobyczy technologii do walki o jak najszybsze ograniczenie epidemii.

IBM, Nvidia i Oak Ridge National Laboratory wykorzystały najpotężniejszy obecnie superkomputer na świecie o nazwie Summit do wykonania niesamowicie złożonych obliczeń i symulacji na potrzeby opracowania skutecznej szczepionki i leku na SARS-CoV-2.

Ten potwór obliczeniowy warty 200 milionów dolarów, został wyposażony w 220 800 rdzeni CPU, 188 416 000 rdzeni CUDA, 9,2 PB pamięci i 250 PB mieszanej pamięci NVRAM/dysk. Summit oferuje wydajność na poziomie 200 petaflopsów. Oznacza to, że w ciągu tylko jednej sekundy potrafi dokonać obliczeń, jakie zajęłyby zwykłemu komputerowi domowemu ponad 10 dni, a człowiekowi 6,3 miliarda lat.

Wirus SARS-CoV-2 ma na swojej powierzchni białka zwane kolcami, które oszukują receptor powierzchniowy komórki płucnej ACE2 w celu wpuszczenia wirusa do komórki i rozpoczęcia infekcji. Jednym ze sposobów na powstrzymanie infekcji jest znalezienie sposobu na zablokowanie tego białka, które znajduje się w wirusie, zapobiegając wiązaniu wirusa z naszymi komórkami, a tym samym uniemożliwiając mu zakażenie. Blokowanie tego białka można osiągnąć przez związanie z nim innego białka.

Jednak białka mogą przybrać niewyobrażalną liczbę kształtów, ale tylko jedno może się z nim powiązać i skutecznie powstrzymać wirus przed infekcją. Naukowcy z University of Tennessee i ORNL stworzyli modele aż 8000 różnych związków białkowych i za pomocą superkomputera Summit mogli szybko sprawdzić zdolność do wiązania się ich z kolcami.

Ostatecznie naukowcy wytypowali 77 białek, które się do tego nadają. Kolejne symulacje pozwolą zawęzić ich liczbę i zbliżyć nas do stworzenia skutecznego specyfiku na koronawirus. Co ciekawe, symulacje dokonane na Summit trwały kilka dni, tymczasem na zwykłych komputerach zajęłoby to wiele miesięcy. To pokazuje dobitnie, jak ważna jest budowa takich maszyn i inwestowanie w komputery kwantowe, które potrafią takie symulacje wykonać miliony razy szybciej.

Źródło: GeekWeek.pl/OakRidgeToday / Fot. ORNL